有关UFO现象的理论归纳起来主要有5种：神秘论，恶作剧、虚构、欺骗，秘密武器，自然现象，外星球访客。
神秘论的一些信徒认为，UFO及其成员的使命是精神层次的，从客观物质角度研究它注定是徒劳的。认为UFO是恶作剧、虚构、欺骗的人认为，是一些具有不安分性格的人制造了UFO。此观点在“怨恨”计划期间尤为流行。一些航空公司甚至不让那些报告看见“
飞碟”的飞行员上岗，除非他们同意做并通过了精神病测试。
在这段时间，UFO目击报告大幅下降，于是，有人认为这恰恰证实了UFO不过是恶作剧。有趣的是，至今（20世纪70年代）美国国家空间现象调查委员会（NICAP）仍不时收到飞行员的报告。他们不向空军报告，也不向航空公司报告。
但还是有一定数量的目击事件被证实并非恶作剧和欺骗。让我们来看看发生在新墨西哥州的索科罗案件。1964年4月24日， 警官罗尼·扎马拉正开车沿着索科罗街道巡逻。他看到一个闪亮的物体在市郊方向飘落，还听到很大的喧哗声，好像在那个方向的一个旧弹药库发生了爆炸。他立即通过无线电向总部报告，开车驶向旧弹药库。在离峡谷约140米时，他停了下来，因为那里有辆翻倒的汽车。他报告说他在处理一起车祸，然后将自己的车开到山坡顶，停在峡谷的脊梁处。
他刚停好车，下车没走几步，就惊奇地发现那不是失事汽车，而是一个长约5米的白色蛋形物体，支撑它的是短金属腿。附近有两个穿着衣裤相连的银色工作服的类地球人。它们并没有注意到扎马拉，而是专注地在物体的下部忙乎着。扎马拉吃惊地呆呆站在那里，头脑一片空白。那两个人突然发现了他，立刻绕过物体消失了。扎马拉也向车子那边跑去。
他回头看见那个蛋形物体下部发出蓝光，在“刺耳的轰鸣声”中起飞了，即刻消失在峡谷上。扎马拉一路飞奔，直到遇到前来增援的查瓦兹警官。他们又一起搜查了峡谷，发现被蓝光照射过的灌木都被烧焦了，冒着烟。蛋形物体金属腿支撑处留有四个圆形痕迹，每个1米深。峡谷的沙土硬，所以没有发现类人类的脚印。当天，官方又进行了一次实地调查，证实了扎马拉和查瓦兹的说法。很显然，此事件不能被列入恶作剧、虚构、欺骗的范畴。
至于秘密武器的说法，因为缺乏真实的论据，相信没有几个人会支持这种观点，反而是自然现象理论有一些道理。有些目击报告最终被证实不过是气球、金星、人造卫星、普通航天器、不平常的云、云高计发出的光等。还有报道怀疑人们看到的是海市蜃楼、视野幻觉、沼气、球形闪电。但你无法相信沼泽附近的居民会把天上急速飞过的闪烁着灯光的UFO 当成沼气；农场主会把在干旱天气下滚过围栏网的球形闪电当作天上一个闪亮的UFO的事也很难有说服力。因此，在正常情况下，人们误判的情况是令人怀疑而不可靠的，就此妄下断论也不明智。还有人认UFO是太空等离子粒团受太阳风影响进入大气层的浓缩团，但这种可能性微乎其微，因为没有考虑到浓缩团如何穿越强大的地球磁场。
剩下来就是外星球访客理论了。有一些证据可以证明这一点。除了扎马拉的案件，让我们再来看一下巴尼和贝蒂·希尔案件。1961年9月19日，在前往新英格兰途中，他们丢失了2小时，但自己并未意识到。然而，此夜后，两人都患上了心理方面的疾病并且越来越严重，最后不得不求助于心理医生。通过催眠术，医生了解了发生的一切。原来，他们遭催眠后被带上了一个UFO，并做了2小时的体检，被催眠暗示要忘记整个事件的来龙去脉后释放。在做了“催眠障碍消除术”后，两人再也没有发生心理问题。
希尔对
外星人的描述与其他案例中描述的大同小异，但此案件的外星人是少数派。通常描述的外星人大都身高1米，有个大大的圆形脑袋（头盔？），胳膊长过膝盖，穿着银色太空服，其他方面基本与地球人类似，还有一些外星人有着特别大的眼睛，长着薄薄的嘴唇的嘴巴就是一条缝。很少有外星人身高超过1.2米、重量约有15千克、浑身毛发（衣服？）的案例。这些外星人据说非常强壮。
倘若真有外星人造访地球，那么问题就来了：为什么它们不试图与我们正式联系呢？此问题的部分答案存在于扎马拉警官的经历里，还有部分反映在
通古斯大爆炸中。当时，一个彗星在大气层爆炸，冰块融解，尘土飞扬，没有碎片。也有种说法是外星飞船在飞入地球大气层时速度太快，出现机械故障，导致失事引起核爆炸。尽管这种说法有些匪夷所思，但有证据显示，通古斯大爆炸后地球上的核辐射在短期内急剧上升。有人指出，彗星有足够的动能与大气摩擦转换成热能，促成了核聚变反应，但这种解释仍不尽合理，难以服众。
那么，为何外星人不直接与我们联络呢？答案似乎很简单：
1.我们也许是它们做社会学和心理学精密研究的对象，通常情况下，它们会尽量避免干扰研究对象所处的生存环境；
2.你绝对不会去与一群蚂蚁“联络”，就像我们到动物园去看动物，但不会去“联络”蜥蜴一样；
3.这种“联络”也许已经以某种秘密方式进行了；
4.这种“联络”已经在某些我们还未意识到的层面发生。当然你也许还可以再加上其他的观点。
与人类接触还充满了危险。在微观层次上，我们的身体排斥和抵抗任何外来物质；此过程帮助我们抵抗疾病，但有时也会导致对无毒物质产生过敏反应。而在宏观层次（心理学和社会学）上，我们是对抗“不同”的生物的。看看一个怪异的孩子是如何被其他孩子欺负，以及阿拉伯人如何对待以色列人、土耳其人如何看待希腊人，你就会明白这一点。如果你还是无法将上述观念与对待外星人联系起来，那么我要指出：在古代，可能的外星人会被看作“上帝”，但在近2000年，有证据表明，可能的外星人被暴徒厮打侮辱、重复射击，导致身心受害的事时有发生。
1957年7月24日，部署于苏联千岛群岛的防空炮兵连向UFO开火，但没有击中。UFO发着光亮，高速飞离。美国也曾向UFO开火。某日上午10时，某战斗机基地的雷达发现一个UFO正以每小时1100千米的速度飞行，然后降到每小时160千米。两架F-86战斗机奉命起飞拦截。最终有架飞机在1000米高度接近UFO。UFO开始加速，但飞行员还是设法在短时间内将距离缩小到450米。这是个碟状物。飞行员开足马力，但UFO开始逃离。在射程达到900米时，飞行员按下按钮开火，想击落它，但他没有成功，UFO飞速逃离开了。
类似的情形还可能发生在个人身上。1955年8月21日傍晚， 在肯塔基州距离凯利镇2千米的萨顿农场，8个大人和3个小孩在玩耍。其中一个小孩发现一个发光的UFO在谷仓后面降落。附近农场的其他人也看到了飞碟。然而，当地官方认为这是个“流星”，便没做什么调查。大约30分钟后的8点，萨顿家里养的狗狂吠起来，两个大人走到后门看个究竟。大约15米外有个穿着银色发光服的人向他们走来。他身高约1米，大大的脑袋，长长的胳膊，双手带蹼，还有爪子。农场里的人急忙抓起一把猎枪和点22口径的手枪，向他射击。
他们甚至可以听到子弹射到金属上反弹起来的声音。那家伙被击倒，但又立即跳了起来，攀爬而逃。农场里的人退回到屋子里，关闭电灯，点上火把。当时，一位从餐厅窗户向外偷窥的妇人发现带着某种头盔、眼距很大的外星人也在偷看她。她吓得尖叫起来。男人们赶过来，又是一阵乱射。那家伙被射得直往后退，然后跑开，显然并没有受什么伤。其后的20分钟里，人们又射了50多回，直到那些家伙撤离。在足足等待了2小时，确认安全之后，农场里的人也离开了农场。等警察到来的时候，外星人早已无影无踪。农场主人不愿再回到农
场。他们把农场卖掉，永不回头。故事没有听说外星人开枪还击，但有人感觉到外星人在通过恐吓地球人取乐。
