一文告诉你上皮间充质转化（EMT）相关的生信思路有哪些 ...

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大家好，小云又来更新喽~今天给大家说说上皮间充质转化吧!
1.什么是上皮间充质转化（Epithelial-Mesenchymal Transition，EMT）？
上皮细胞-间充质转化，是指上皮细胞通过特定程序转化为具有间质表型细胞的生物学过程。其主要的特征有细胞黏附分子(如E-钙黏蛋白)表达的减少、细胞角蛋白细胞骨架转化为波形蛋白(Vimentin)为主的细胞骨架及形态上具有间充质细胞的特征等。
2.EMT有什么生物学意义？
通过EMT，上皮细胞失去了细胞极性，失去与基底膜的连接等上皮表型，获得了较高的迁移与侵袭、抗凋亡和降解细胞外基质的能力等间质表型。EMT是上皮细胞来源的恶性肿瘤细胞获得迁移和侵袭能力的重要生物学过程。
3.EMT相关的生信思路有哪些？
（1）EMT相关signature：






（2）EMT相关风险评分、预后模型：




（3）EMT与其他热点关联：
比如分析EMT相关选择性剪切


分析缺氧、免疫和EMT相关基因：


分析EMT相关lncRNA：


4.EMT相关的数据库
做EMT相关的生信分析，首先要获得EMT相关的基因集合，方法之一就是通过EMT相关的数据库。
今天给大家介绍一个通过文献汇总的和 EMT 有关的数据库：
dbEMT2.0
(http://dbemt.bioinfo-minzhao.org/index.html)。
该数据库的主要目的是通过维护一个高质量的上皮细胞间充质转化基因数据库来支持EMT研究，而且是免费的哦。
目前，dbEMT通过PubMed文献数据库中收集了1184个与EMT相关的基因（1011个编码基因和173个非编码基因）。其中，173个非编码基因中就包含了miRNAs。想了解EMT相关的miRNAs，直接搜索dbEMT即可。
（1）数据库的首页（HOME）展示了数据库的概况：


（2）菜单栏“BROWSE”中的“chromosomes”可以按基因组位置浏览所有上皮-间充质转化基因：


（3）另外，数据库对这 1184 个基因基于对肿瘤的作用进行了区分：




（4）“BROWSE”中的“pathway”可以浏览所有EMT基因相关的KEGG路径图：


点击某一个通路会显示具体的通路图，显示EMT相关基因如何参与KEGG通路。


其中红色矩形代表dbEMT 2.0中的EMT相关基因。该通路中剩余的绿色基因不包含在dbEMT 2.0中。
（5）QUERY中可以对基因、突变和文献等进行检索，也可搜索上皮-间充质转化相关基因的途径、疾病、相互作用因子、与上皮-间充质转化相关的转录因子以及基因组位置的信息。


（6）BLAST可以对基因序列进行比对搜索：


（7）TUTORIAL是数据库的相关教程：


（8）DOWNLOAD中，可以下载数据库总结的 1184 个基因和EMT相关基因的pubmed ID。


通过数据库可以轻松获得EMT相关的基因集合，那么接下来做EMT相关的生信分析就水到渠成了！除了通过EMT数据库，也可以通过分子特征数据库获取EMT相关基因哦~
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