宾夕法尼亚大学基因组学与比较。生物学Genomics & Comp ...

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美国宾夕法尼亚大学（UPenn）补习：基因组学与比较。生物学Genomics & Comp. Biology (GCB)辅导补习及选课指导

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宾夕法尼亚大学基因组学与比较。生物学Genomics & Comp. Biology (GCB)

GCB 493 人类健康和疾病的表观遗传学
表观遗传改变包括影响细胞和有机体过程的染色质（DNA 和组蛋白的聚合物）的可遗传的、非遗传的变化。本课程将研究从早期生长阶段指导发育以及在生命中维持正常细胞稳态的表观遗传机制。我们还将探讨不同的表观遗传过程是如何成为众多人类疾病状态的核心。我们将回顾从发现表观遗传机制的历史视角到使用现代技术和药物开发来靶向表观遗传机制以延长健康寿命和对抗人类疾病的主题。该课程将包括教学讲座、主要科学文献和研究讲座以及学生主导的演讲。先决条件：推荐使用BIOL 48
GCB 533 基因组学和生物医学信息学统计
GCB 533是一门面向基因组学和计算生物学研究生的概率论和统计推断入门课程。本课程的目标是提供基本概念和工具的基础，以及将其应用于基因组学问题的动手实践。在课程结束时，学生应该对基本的概率和统计推断有一个直观的理解，并准备在他们未来的研究中选择和执行适当的统计方法。
GCB 534 实验基因组科学
本课程将调查实验基因组学的方法和问题，包括下一代测序方法、人类和模式生物的基因组测序、功能基因组学、蛋白质组学和基因组学方法的应用。学生将被要求回顾和讨论当前的文献，并根据课程中学到的材料提出新的实验。先决条件：本科生和硕士生需要BIOL 431。
GCB 535 生物信息学概论
本课程概述了应用于生物医学研究的生物信息学和计算生物学。本课程的主要目标是使学生能够将现代生物信息学工具整合到他们的研究活动中。课程材料旨在使用计算方法和数据分析来解决生物学问题。将介绍在 UNIX 环境中编程和操作的基本入门知识，还将向学生介绍 Python R 和可重复研究的工具。本课程强调对当前生物学研究问题的应用的直接实践经验。领域包括 DNA 序列比对、遗传变异和分析、基序发现、高通量测序 RNA 和基因表达的研究设计、单基因和全基因组分析、机器学习、和系统生物学的主题。将在适合没有计算机科学背景的生物学家的水平上介绍和讨论这些领域中用于分析的方法的相关原则。本课程不适用于想要了解生物驱动算法问题的计算机科学专业的学生；BIOL 437 / GCB 536和 GCB/CIS/BIOL537 更合适。先决条件：高级本科课程，如BIOL 421或生物学研究生课程，如 Biol 526（细胞和分子生物学实验原理）、BIOL 527（高级分子遗传学）、BIOL 540（遗传系统）或同等学历，是先决条件。
GCB 536 计算生物学基础
为生物学学生和计算机科学、工程专业学生设计的介绍性计算生物学课程。该课程将涵盖应用于生物学问题的算法、统计学和数学的基础知识。特别是，重点将放在生物问题建模和理解“纸笔”级别的算法和数学程序上。也就是说，没有教授算法的实际实现，但使用小型示例涵盖了算法的原理。涵盖的主题有：基因组注释和字符串算法、模式搜索和统计学习、分子进化和系统发育学、功能基因组学和系统级分析。先决条件：需要大学水平的入门生物学；以前或同时需要的本科或研究生水平的统计数据；鼓励分子生物学和/或遗传学；鼓励编程经验
GCB 567 生物系统建模的数学计算方法
本课程将涵盖分子/细胞规模的系统生物学主题。重点将放在分子生物学的定量方面，可能的主题包括 DNA 复制、转录、翻译以及基因调控网络和信号传导的概率方面。该课程将涉及使用 MATLAB 分析和模拟生物行为模型。先决条件：毕业生身份或导师许可。
GCB 577 先进的表观遗传学技术
GCB、CAMB (G&E) 或 IGG 项目的二年级学生使用基因组学方法测量其实验系统中的转录组学和表观基因组学变化。目标是让学生熟悉最新的尖端基因组学工具，并涵盖研究全基因组表观遗传数据集的主要实验和计算挑战的解决方案。学生将发展以下方面的能力：(i) 提高分辨率的各种实验技术，(ii) 与计算分析相关的问题，这些问题与用于探测表观遗传过程和信号的各种全基因组分析密切相关，(iii) 计算方法有助于克服与给定表观遗传数据模式分析相关的缺陷，(iv) 多层表观遗传数据集整合的方法、技术和研究。
GCB 585 Wistar 研究所癌症生物学课程：癌症信号通路
本课程旨在提供有关癌症分子基础的基础信息。必要时，还讨论了这些信息对癌症临床方面的意义。主题围绕细胞周期检查点，特别强调 DNA 损伤信号通路、DNA 损伤检查点、有丝分裂检查点及其与人类癌症的相关性的生物化学和遗传学。课程由主办方和来自东北地区大学和研究机构的客座讲师讲授。每次讲座后，学生都会提交与该讲座主题相关的研究论文。该课程面向研究生一年级和二年级，但欢迎所有研究生参加。先决条件：本科生和硕士
GCB 752 基因组学
分子生物学、计算机科学和工程学的最新进展为研究生物体的生物学开辟了新的可能性。生物学家现在可以获得完整的基因组序列和编码在特定生物体 DNA 中的一组细胞指令，这些生物体包括智人、数十种细菌、酵母酿酒酵母、线虫 C. elegans 和果蝇黑腹果蝇。本课程的目标包括：1. 介绍基因组测序的基本原理，2. 让学生熟悉与基因组学相关的新仪器、信息工具和实验室自动化技术，3. 教学生如何获取信息和正在基因组学和 4 中开发的生物材料。检查这些新工具和资源如何应用于基础和转化研究。这将通过对经典论文和近期论文的深入讨论来实现。先决条件：教师的许可。
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