作为一个生物相关专业的学生：经常有一些搞不懂的生物学 ...

弗洛依德瓜

作为一个生物相关专业的学生：经常有一些搞不懂的生物学常识6---细胞—质粒

• 分子生物学实验室常见的细胞有哪些，英文名称是什么，使用哪些培养基，培养条件？
  

常见的细胞株如下（按字母顺序排列）：

• A549 - 人类肺腺癌细胞 (ATCC CCL-185)，使用 DMEM（Dulbecco’s Modified Eagle Medium）培养基，37℃，5% CO2。
  
• BHK-21 - 仓鼠肾细胞 (ATCC CCL-10)，使用 DMEM 培养基，37℃，5% CO2。
  
• CHO - 中国仓鼠卵巢细胞 (ATCC CCL-61)，使用 F-12K (Kaighn's) Medium培养基，37℃，5% CO2。
  
• COS-7 - 绿猴肾细胞 (ATCC CRL-1651)，使用 DMEM 培养基，37℃，5% CO2。
  
• HeLa - 人类子宫颈癌细胞 (ATCC CCL-2)，使用 DMEM 培养基，37℃，5% CO2。
  
• HepG2 - 人类肝细胞癌细胞 (ATCC HB-8065)，使用 MEM（Minimum Essential Medium）培养基，37℃，5% CO2。
  
• HL-60 - 人类白血病细胞系 (ATCC CCL-240)，使用 RPMI 1640（Roswell Park Memorial Institute）培养基，37℃，5% CO2。
  
• Jurkat - 人类淋巴细胞系 (ATCC TIB-152)，使用 RPMI 1640 培养基，37℃，5% CO2。
  
• MCF-7 - 人类乳腺癌细胞系 (ATCC HTB-22)，使用 DMEM/F-12（Dulbecco’s Modified Eagle Medium/Nutrient Mixture F-12）培养基，37℃，5% CO2。
  
• MDCK - 犬肾细胞 (ATCC CCL-34)，使用 MEM 培养基，37℃，5% CO2。
  
• NIH/3T3 - 小鼠成纤维细胞 (ATCC CRL-1658)，使用 DMEM 培养基，37℃，5% CO2。
  
• PC12 - 大鼠嗜铬细胞瘤细胞系 (ATCC CRL-1721)，使用 DMEM 培养基，37℃，5% CO2。
  
• RAW264.7 - 小鼠巨噬细胞系 (ATCC TIB-71)，使用 DMEM 培养基，37℃，5% CO2。
  
• SH-SY5Y - 人类神经母细胞瘤细胞系 (ATCC CRL-2266)，使用 DMEM/F-12 培养基，37℃，5% CO2。
  
• SK-BR-3 - 人类乳腺癌细胞系 (ATCC HTB-30)，使用 McCoy’s 5A（Modified）Medium培养基，37℃，5% CO2。
  
• THP-1 - 人类单核细胞系 (ATCC TIB-202)，使用 RPMI 1640 培养基，37℃，5% CO2。
  
• U2OS - 人类骨肉瘤细胞系 (ATCC HTB-96)，使用 DMEM 培养基，37℃，5% CO2。
  
• Vero - 绿猴肾细胞 (ATCC CCL-81)，使用 DMEM 培养基，37℃，5% CO2。
  
• 293T - 人类肾上皮细胞 (ATCC CRL-3216)，使用 DMEM 培养基，37℃，5% CO2。
  
• HCT116 - 人类结肠癌细胞系 (ATCC CCL-247)，使用 McCoy’s 5A 培养基，37℃，5% CO2。
  
• HeLa S3 - 人类子宫颈癌细胞系 (ATCC CCL-2.2)，使用 DMEM 培养基，37℃，5% CO2。
  
• HepaRG - 人类肝癌细胞系 (ATCC HB-8065)，使用 William's Medium E培养基，37℃，5% CO2。
  
• MDA-MB-231 - 人类乳腺癌细胞系 (ATCC HTB-26)，使用 DMEM 培养基，37℃，5% CO2。
  
• MEF - 小鼠胚胎成纤维细胞 (ATCC SCRC-1040)，使用 DMEM 培养基，37℃，5% CO2。
  
• Neuro-2a - 小鼠神经母细胞瘤细胞系 (ATCC CCL-131)，使用 DMEM 培养基，37℃，5% CO2。
  
• PANC-1 - 人类胰腺癌细胞系 (ATCC CRL-1469)，使用 DMEM 培养基，37℃，5% CO2。
  
• RPE-1 - 人类视网膜色素上皮细胞系 (ATCC CRL-4000)，使用 DMEM/F-12 培养基，37℃，5% CO2。
  
• Saos-2 - 人类骨肉瘤细胞系 (ATCC HTB-85)，使用 McCoy’s 5A 培养基，37℃，5% CO2。
  
• SF9 - 青蛾卵巢细胞 (ATCC CRL-1711)，使用 Grace's Insect Medium培养基，27℃。
  
• Sf21 - 青蛾卵巢细胞 (ATCC CRL-1711)，使用 Grace's Insect Medium培养基，27℃。
  以上是一些常见的细胞系及其培养条件，每种细胞系的要求可能会有所不同，例如培养基成分、pH值、培养时间等。在进行实验前应仔细了解每个细胞系的特点及其对实验的影响，并严格按照要求进行培养。
  
• 分子生物学实验室常见的质粒30个。
  
  
  • pUC19 - 用于克隆和高效表达目的基因。
    
  • pBluescript II SK(+) - 用于克隆和测序。
    
  • pET-28a(+) - 用于高效表达目的基因，并具有His标签。
    
  • pGEX-6P-1 - 用于高效表达目的基因，并具有GST标签。
    
  • pET-32a(+) - 用于高效表达目的基因，并具有Trx和His标签。
    
  • pCMV-ag2B - 用于表达带有Flag和Myc标签的蛋白。
    
  • pcDNA3.1(+) - 用于哺乳动物细胞中表达目的基因。
    
  • pEGFP-C1 - 用于表达带有GFP标签的蛋白。
    
  • pEGFP-N1 - 用于表达带有GFP标签的蛋白。
    
  • pEGFP-N2 - 用于表达带有GFP标签的蛋白。
    
  • pEGFP-N3 - 用于表达带有GFP标签的蛋白。
    
  • pEGFP-N4 - 用于表达带有GFP标签的蛋白。
    
  • pEGFP-Nuc - 用于表达带有核定位信号的GFP标签蛋白。
    
  • pRSET A - 用于高效表达目的基因，并具有6xHis标签。
    
  • pET-15b(+) - 用于高效表达目的基因，并具有Nus标签。
    
  • pET-21a(+) - 用于高效表达目的基因。
    
  • pLenti-CMV-GFP-2A-Puro - 用于慢病毒载体构建，表达带有GFP标签的蛋白。
    
  • pMD18-T - 用于PCR克隆和测序。
    
  • pUC57 - 用于基因克隆和DNA合成。
    
  • pGEM-T Easy - 用于PCR克隆和测序。
    
  • pQE-30 - 用于高效表达目的基因，并具有His标签。
    
  • pQE-31 - 用于高效表达目的基因，并具有6xHis标签。
    
  • pQE-32 - 用于高效表达目的基因，并具有GST标签。
    
  • pQE-80L - 用于高效表达目的基因，并具有S-Tag标签。
    
  • pCAGGS - 用于哺乳动物细胞中表达目的基因。
    
  • pCI - 用于哺乳动物细胞中表达目的基因。
    
  • pRSFDuet-1 - 用于高效表达目的基因。
    
  • pETDuet-1 - 用于高效表达目的基因。
    
  • pACYC184 - 用于质粒复制和高效表达目的基因。
    
  • pBAD - 用于高效表达目的基因，并受AraC调控。
    
  
  

这些质粒的具体作用包括：

• 克隆：pUC19、pBluescript II SK(+)、pMD18-T、pUC57、pGEM-T Easy
  这些质粒主要用于克隆和测序，其中pUC19还可用于高效表达目的基因。
  
• 高效表达：pET-28a(+)、pGEX-6P-1、pET-32a(+)、pRSET A、pQE-30、pQE-31、pQE-32、pQE-80L、pRSFDuet-1、pETDuet-1、pACYC184、pBAD
  这些质粒主要用于在大肠杆菌中高效表达目的基因，其中有些质粒还具有特定的标签如His、GST、Trx、Nus等，以便后续蛋白纯化。
  
• 标记：pCMV-Tag2B、pEGFP-C1、pEGFP-N1、pEGFP-N2、pEGFP-N3、pEGFP-N4、pEGFP-Nuc
  这些质粒主要用于标记目的蛋白，其中pCMV-Tag2B可用于表达带有Flag和Myc标签的蛋白，pEGFP系列质粒可用于表达带有GFP标签的蛋白，pEGFP-Nuc可用于表达带有核定位信号的GFP标签蛋白。
  
• 慢病毒载体：pLenti-CMV-GFP-2A-Puro
  这个质粒用于慢病毒载体构建，以表达带有GFP标签的蛋白。
  总之，这些常用质粒在分子生物学实验室中有广泛的应用，可以帮助研究者进行克隆、表达、标记等实验。
  
• 质粒命名、分类，并举一些例子
  

质粒是指独立于染色体的小环状或线性的DNA分子，在原核生物细胞内自主复制和遗传的DNA分子。根据功能和结构的不同，质粒可以分为多种类型，以下是一些常见的质粒类型及其命名规则：

• 克隆载体：用于DNA片段的克隆和扩增，通常以p开头，后跟克隆载体的信息，如pUC19、pBluescript II SK(+)、pET-28a(+)等。
  
• 表达载体：用于高效表达蛋白，通常以p或者pcDNA开头，后跟表达载体的信息，如pET-28a(+)、pcDNA3.1(+)、pGEX-6P-1等。
  
• 标记载体：用于标记蛋白，通常以p或者pCMV开头，后跟标记载体的信息，如pCMV-Tag2B、pEGFP-C1、pEGFP-N1等。
  
• RNAi载体：用于RNA干扰实验，通常以p或者pSUPER开头，后跟RNAi载体的信息，如pSUPER、pLKO.1等。
  
• CRISPR/Cas9载体：用于基因编辑实验，通常以p或者pX330开头，后跟CRISPR/Cas9载体的信息，如pX330-U6-Chimeric_BB-CBh-hSpCas9、pSpCas9(BB)-2A-GFP等。
  

除此之外，还有一些具有特殊功能的质粒，如慢病毒载体pLenti系列、质粒稳定细胞系构建载体等

• 质粒的分类
  质粒是细胞外染色体以外的小环状DNA分子，它们在细胞内可以自主复制，并且可以在细胞之间传递。按照它们的来源和功能，质粒可以被分类为以下几种：
  天然质粒：存在于自然界中的质粒，可以在细菌、古菌和真核生物中发现。它们通常是在自然选择的压力下演化形成的，以帮助细胞在特定的环境中生存。
  人工质粒：通过人工合成或改造天然质粒而制成的质粒，包括克隆载体、表达载体、慢病毒载体等。
  病毒质粒：病毒的遗传物质可以是质粒，例如慢病毒、腺病毒等。
  大肠杆菌F质粒：F质粒是一种特殊的质粒，可以在大肠杆菌中进行垂直遗传。它们是一种可以在大肠杆菌细胞间进行水平转移的质粒，可以在群体中快速传播抗生素抗性等有利特征。
  此外，根据质粒的功能和结构，还可以将它们进一步分类，例如：表达载体、克隆载体、启动子载体、慢病毒载体、转录因子诱导载体等。
  
• 质粒命名、分类，并举一些例子
  质粒是细菌和其他单细胞生物质体中发现的圆形或线性的DNA分子。质粒通常具有自主复制的能力，可以独立于宿主细胞的染色体复制。质粒在分子生物学和生物工程学中被广泛应用，可以用于克隆、表达、标记和传递目的DNA序列。
  在命名上，质粒通常以p为前缀，后面接它的来源、大小、功能、使用等特征。例如，pBR322表示质粒来源于Escherichia coli（B），大小为3.2 kb，具有ampicillin和tetracycline的抗性基因，可用于克隆和表达目的DNA序列。另外一些常见的质粒命名包括pUC18、pUC19、pGEX-6P-1、pET-28a(+)等。
  根据质粒的分类方法不同，可以将质粒分为以下几类：
  克隆质粒：主要用于DNA序列的克隆、扩增和传递，如pBR322、pUC18、pUC19等。
  表达质粒：用于目的基因在细胞中的高效表达，如pET-28a(+)、pGEX-6P-1、pRSET A等。
  标记质粒：用于目的蛋白的表达和标记，如pEGFP-C1、pCMV-Tag2B等。
  病毒载体质粒：用于构建慢病毒和快病毒载体，如pLenti-CMV-GFP-2A-Puro、pAAV-CMV-GFP等。
  其他质粒：如质粒基因组库、转座子载体等。
  举例来说，pBR322是一个常用的克隆质粒，具有ampicillin和tetracycline的抗性基因，可以用于克隆目的DNA序列。pUC18和pUC19也是常用的克隆质粒，具有luciferase的报告基因和多个限制酶切位点，可用于分子克隆和筛选。pGEX-6P-1是一个常用的表达质粒，具有GST标签和TEV酶切位点，可用于目的基因在大肠杆菌中的高效表达和纯化。pEGFP-C1是一个常用的标记质粒，具有GFP标签和CMV启动子，可用于目的蛋白的表达和标记。
  细胞的命名规则及分类，举一些例子
  细胞的命名规则通常包括三部分：属名、种加词和菌株名。其中，属名是大写字母开头的拉丁化单词，表示该细胞属于哪个属；种加词是小写字母开头的单词或缩写，表示该细胞的特征；菌株名通常由数字或字母组成，表示不同的菌株。细胞的分类方法包括形态学分类、生理生化分类、遗传分类等。
  
• 以下是一些常见的细胞分类和命名的例子：
  
• 大肠杆菌 Escherichia coli：属于革兰氏阴性菌，常见于肠道和环境中，具有发酵和呼吸代谢能力，是分子生物学实验室中常用的宿主菌株。
  
• 酵母菌 Saccharomyces cerevisiae：属于真菌，常见于自然环境和发酵食品中，具有发酵代谢能力，是分子生物学实验室中常用的宿主菌株。
  
• 肝细胞 HepG2：属于人类肝癌细胞系，具有癌变特征，可用于肝癌相关的分子生物学和药物研究。
  
• HEK293T：属于人类胚胎肾细胞系，具有高效的DNA转染和蛋白表达能力，是分子生物学实验室中常用的宿主细胞。
  
• CHO细胞：属于哺乳动物细胞，具有优良的生长和表达性能，可用于蛋白表达和生物制药研究。
  
• 293FT：属于HEK293细胞系的改良菌株，具有更高的转染效率和稳定性，可用于大规模的蛋白表达和制备。
  
• A549：属于人类肺癌细胞系，可用于肺癌相关的分子生物学和药物研究。
  
• RAW264.7：属于小鼠巨噬细胞系，具有巨噬细胞的免疫功能，可用于免疫学和炎症相关研究。
  
• COS-7：属于非洲绿猴肾细胞系，具有较高的DNA转染和蛋白表达能力，可用于分子生物学和生物制药研究。