欢迎来到进化生物学和大系统发育研究的最前沿,这里面水很深,到现在都有很多一片漆黑的谜团无法得到澄清。先上一张这个领域的最新的成果,来自今年,采用了目前我们系统发育研究所能采用的最强大的工具——基因组(Katz & Grant, 2015)。整个系统发生树包含了150个基因,232种真核生物,36346个位点。
看不懂不要紧,我依次来详细说说。树上面五个不同颜色的大块标记了该项研究所发现的五个支持率高的单系类群(也就是可以被承认为符合真实进化历史的类群),分别为,SAR超类群、植物(Plantae)、古虫(Excata)、变形虫(Amoebozoa)、后鞭毛生物(Opisthokonta,包括真菌和动物)。而那三个没有染色的空隙,就是三个种系发生不明的孤儿分支,我们还不知道它们是从哪里来的。从上到下依次说说这些都是什么生物。
最后来看看那些空隙里的神秘类群:泛植物旁边的孤儿分支1里面包括一些小型光合生物。古虫旁边的孤儿分支2包括以前属于古虫的马拉维单胞虫(Malawimonas).另一篇关于古虫界分类的文章(Hampl et al., 2009)也支持了马拉维单胞虫跟其它古虫的并系关系。变形虫旁边的孤儿分支3则包含了一系列单细胞的异养生物。这些地位未定的孤儿分支可能是进化中的孑遗分支,值得进行进一步的研究。而这些空隙的存在,也说明我们还将有可能发现新的生物类群。
双鞭毛那一支一直处于极度混乱的状态,暗无天日。单鞭毛生物一支情况要明朗一些,变形虫界和后鞭毛生物都是支持率较高的单系群,真菌和动物关系最为明朗,也有分子研究(Hampl et al., 2009)对单鞭毛生物这一支给出了较高的支持率。然而包括最新的那篇研究(Katz & Grant, 2015)和其它一些研究(Parfery et al., 2010)却显示出变形虫界可能跟其它双鞭毛生物关系更近,导致这一假说的命运又变得不明朗起来。