这篇论文分析了 103 个新冠病毒的基因组,指出其遗传序列中 8782 位和 28144 位存在两个单核苷酸突变位点,可据此将新冠病毒分为 L 和 S 两个亚型。由于测序的基因组样本中有 70% 属于较晚出现的 L 型,因此作者得出结论,新冠病毒已经演化出了更具攻击性且传播速度更快的类型。(详细:中国学者:新冠病毒已演化出2个亚型,传染力或有差异)
这项研究发表后,收到了不少来自学界的反对意见。爱丁堡大学的分子进化生物学家 Andrew Rambaut 对 Science 表示,“他们发现的其中一个病毒分支的壮大可能是一种偶然。”而四名来自格拉斯哥大学的研究者则直接在 www.virological.org 网站上发文表示“该论文结论没有根据”,并要求作者撤稿。
他们还指出,多数病毒样本中存在某个特定突变,并不代表这些携带了突变的病毒一定具备更高的传播力。论文作者没有做进一步的假设验证和传播率估算就直接给出这样的结论,是不正确且不负责任的。而且,病毒爆发过程中,每个人传人过程都是一次随机事件,每个传染源的实际传播效果有高有低。这种小尺度的流行病学现象叠加在一起就会造成疫情中不同突变类型以不同的频率出现。此外,研究样本来自疫情爆发早期,决定 L 和 S 型的 8782 位和 28144 位突变可能是随机的遗传漂变。论文作者观察到样本基因组中 70% 的 L 型和 30% 的 S 型也可能是随机出现的结果。
目前,论文通讯作者之一,北京大学生命科学学院研究员陆剑已经对此作出回应,他首先声明发表该论文的期刊《国家科学评论》会邀请专家,对这次学术上的争论进行评议,并且指出争议双方已经同意通过期刊进行全面交流。陆剑认为格拉斯哥大学的学者对论对研究存在误解,并对病毒突变与其功能意义、L 型与 S 型的分布差异以及突变演化计算等方面的质疑进行了简要回应,表示更具体的回应和完整讨论将通过《国家科学评论》进行。
争议不停
在这次疫情中,因对病毒突变的不同理解而产生的争议不是第一次出现。根据 Science 报道,德国病毒学家 Christian Drosten 也遇到过类似情况。此前他从一名在意大利感染新冠肺炎的患者体内分离出病毒并进行了测序,发现其基因组序列看起来与一个多月前在德国慕尼黑的一名患者体内分离出的病毒十分相似,两者都有三处在早前中国爆发的病毒序列中未见的突变。他意识到这一现象可能会让人认为意大利的疫情爆发是由慕尼黑的患者传来的。然而流行病学调查结果显示这个推论不成立——也有可能是来自中国的一个携带这三处突变的病毒株分别独立传播到意大利和德国。
此外,中国的样本大都来自于疫情爆发初期,大多数病毒的基因组序列仍然非常相似,因此很难下结论。巴塞尔大学(University of Basel)的计算生物学家 Richard Neher 表示,:“目前我们只掌握了少数突变,很难对病毒进行明确的归类。随着疫情的发展,我们期望看到更多基因的多样性和更多独立的谱系,这能使事情愈加明了。”