1983年,木村总结了多名科学家对中性理论的研究贡献,[包括他自己以及他最密切的合作者太田朋子(Tomoko Ohta)等人],出版了《分子演化的中性理论》(The Neutral Theory of Molecular Evolution)一书。现在,这本书已被认为是经典之作,它确立了中性理论作为分子演化的范式。可以说,如果没有中性理论这个概念框架的建立,今天我们将很难理解分子演化遗传学。通过中性理论,我们可以进一步发展并向前推动这一学科。
20世纪40年代和50年代出现的现代演化理论,也称为新达尔文主义,汇集了实验遗传学研究、群体遗传学理论以及对各种种群的研究。新达尔文主义认为,演化是两种有着不同性质的力量相互作用的结果。这两种力量就是突变(产生新的基因变异和表型变异)和自然选择。1970年,获得1965年诺贝尔生理学或医学奖的雅克·莫诺德(Jacques Monod)发表了著名的《偶然性与必然性:论生物学的自然哲学》(Chance and Necessity: Essay on the Natural Philosophy of Modern Biology)一书,用标题中的“偶然性”(Chance)和“必然性”(Necessity)两个哲学术语来代表这两种演化力量。